倪士奇,字复贞,今江苏镇江南徐人。其先祖在宋室南渡时即为京口之名医。宋元明三朝世代承传。
倪士奇在《自序》中将自家的医业相继与龙门司马迁家世代执太史业相比堪。其祖父倪龙山曾遇异人传授针灸之术,其父倪小龙行医淮海也誉满当地,之后定居扬州。倪士奇兄弟3人,兄倪士英、弟倪士彦以医为业。
倪士奇自幼习儒,曾游泮宫。12岁时,父友因家中病人前来延医,父外出,倪士奇询问病情后断为阳明经证,设大柴胡汤以济急,病家取仲景书阅之契符,用药一剂而愈。自此立下“不为良相愿为良医”之志,并于关帝庙求卜得应。此后用八年时间研读《素问》等医经及百家秘典。
父逝后,转归京口行医19年。天启元年(1621)因治愈大司空王公奇之病被荐入京,任武英殿秘书十年。崇祯三年出京,南游名胜,于南京行医六年,后返镇江著书行医。