一、温疟概念不同
对于温疟，《内经》有较详的论述，如《素问•疟论》：“夫寒者，阴气也，风者，阳气也。先伤于寒而后伤于风，故先寒而后热也，病以时作，名曰寒疟，先伤于风，而后伤于寒，故先热而后寒也，亦以时作，名曰温疟。其但热而不寒者，阴气先绝，阳气独发，则少气烦寃，手足热而欲呕，名曰瘅疟……瘅疟者，肺素有热，气盛于身，厥逆上冲，中气实而不外泄，因有所用力，腠理开，风寒舍于皮肤之内分肉之间而发，发则阳气盛，阳气盛而不衰则病矣，其气不及于阴，故但热而不寒”。然而《伤寒》中温疟的概念与《内经》绝然不同，如《金匮要略•疟论》篇第4条“温疟者，其脉如平，身无寒，但热，骨节烦痛，时呕，白虎桂枝汤主之”，显然《伤寒》所述的温疟，恰好属于《内经》的瘅疟。由此可知，《伤寒》本无瘅疟病证名，是王叔和把《内经》有关的论述加入到了《伤寒》中，即《金匮要略•疟病》篇第3条“师曰：阴气孤绝，阳气独发，则热而少气烦冤，手足热而欲呕，名曰瘅疟”。此条的纂入，造成后世注解的混乱。
二、中风、伤寒概念不同
众所周知，《内经》所说的中风，是被风邪所中，如《素问•风论》曰：“风中五脏六腑之俞，亦为脏腑之风，各入门户所中，则为偏风…”。其概念是风邪伤人、中于风。而《伤寒》的中风，是特定的病证名称，即《伤寒论》第2条“太阳病，发热，汗出，恶风，脉缓者，名为中风”，其不是根据外邪是风邪、寒邪或热邪，而是根据病后所表现的症状特点，也即太阳病的特点(且见发热、汗出、恶风、脉缓者)称作中风。本无中于风的意思，但后世注家如张志聪引《内经》注《伤寒论》谓：“此言风伤太阳通体之肌腠，而为中风证也”。同理，伤寒在《内经》中也是伤于寒的概念，如《素问•热论》曰：“今夫热病者，皆伤寒之类也…人之伤于寒也，则为病热”。而《伤寒》的伤寒亦是特定病证名称，即《伤寒论》第3条：“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒体痛、呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒”。本无伤于寒的意思，但张志聪却解释为：“今寒伤通体之表阳，故脉阴阳俱紧”。这种把两书概念混淆的原因，是认为两书为一个理论体系，以《内经》注《伤寒论》，遂造成对《伤寒论》的误解。成无己、方有执、程郊倩、章虚谷等认为中风是“风伤卫”，认为伤寒是“寒伤营”，从而又引申出中风伤卫则病轻，伤寒伤营则病重的理论，显然与仲景原论相悖。
三、癫狂概念的成因不同
《素问•至真要大论》曰“诸躁狂越，皆属于火”，《难经•二十难》曰“重阳者狂，重阴者癫”，其把狂的成因归结于火、重阳。但《伤寒论》第112条曰“亡阳必惊狂”，其把惊狂的成因，主要归结为亡阳，概念大相径庭。
对于温疟，《内经》有较详的论述，如《素问•疟论》：“夫寒者，阴气也，风者，阳气也。先伤于寒而后伤于风，故先寒而后热也，病以时作，名曰寒疟，先伤于风，而后伤于寒，故先热而后寒也，亦以时作，名曰温疟。其但热而不寒者，阴气先绝，阳气独发，则少气烦寃，手足热而欲呕，名曰瘅疟……瘅疟者，肺素有热，气盛于身，厥逆上冲，中气实而不外泄，因有所用力，腠理开，风寒舍于皮肤之内分肉之间而发，发则阳气盛，阳气盛而不衰则病矣，其气不及于阴，故但热而不寒”。然而《伤寒》中温疟的概念与《内经》绝然不同，如《金匮要略•疟论》篇第4条“温疟者，其脉如平，身无寒，但热，骨节烦痛，时呕，白虎桂枝汤主之”，显然《伤寒》所述的温疟，恰好属于《内经》的瘅疟。由此可知，《伤寒》本无瘅疟病证名，是王叔和把《内经》有关的论述加入到了《伤寒》中，即《金匮要略•疟病》篇第3条“师曰：阴气孤绝，阳气独发，则热而少气烦冤，手足热而欲呕，名曰瘅疟”。此条的纂入，造成后世注解的混乱。
二、中风、伤寒概念不同
众所周知，《内经》所说的中风，是被风邪所中，如《素问•风论》曰：“风中五脏六腑之俞，亦为脏腑之风，各入门户所中，则为偏风…”。其概念是风邪伤人、中于风。而《伤寒》的中风，是特定的病证名称，即《伤寒论》第2条“太阳病，发热，汗出，恶风，脉缓者，名为中风”，其不是根据外邪是风邪、寒邪或热邪，而是根据病后所表现的症状特点，也即太阳病的特点(且见发热、汗出、恶风、脉缓者)称作中风。本无中于风的意思，但后世注家如张志聪引《内经》注《伤寒论》谓：“此言风伤太阳通体之肌腠，而为中风证也”。同理，伤寒在《内经》中也是伤于寒的概念，如《素问•热论》曰：“今夫热病者，皆伤寒之类也…人之伤于寒也，则为病热”。而《伤寒》的伤寒亦是特定病证名称，即《伤寒论》第3条：“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒体痛、呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒”。本无伤于寒的意思，但张志聪却解释为：“今寒伤通体之表阳，故脉阴阳俱紧”。这种把两书概念混淆的原因，是认为两书为一个理论体系，以《内经》注《伤寒论》，遂造成对《伤寒论》的误解。成无己、方有执、程郊倩、章虚谷等认为中风是“风伤卫”，认为伤寒是“寒伤营”，从而又引申出中风伤卫则病轻，伤寒伤营则病重的理论，显然与仲景原论相悖。
三、癫狂概念的成因不同
《素问•至真要大论》曰“诸躁狂越，皆属于火”，《难经•二十难》曰“重阳者狂，重阴者癫”，其把狂的成因归结于火、重阳。但《伤寒论》第112条曰“亡阳必惊狂”，其把惊狂的成因，主要归结为亡阳，概念大相径庭。