一、五元论和—元论不同
《内经》以五脏五行、经络流注为生理病理基础，论病则以其五脏六气变化为主，其重视五行六气、五脏附会五行，如“病之生变，气相得则微，不相得则甚；气有余则制己所胜而侮所不胜，其不及则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之”(《素问•五运行大论》)。其从多方面论述了病因病机，即治疗不但治本脏病，还要考虑脏腑的生克。临床辨证治疗可从五个方面考虑，遇一病(证)时，既可从心论治，也可从脾论治，从肾论治，从肝论治，从肺论治。因此，辨证论治是五元论。
《伤寒论》以六经辨证、再辨方证，即凡遇病(证)先辨六经所属，治疗时再辨方证，有是证，用是方，用是药，与《内经》的五元论显然不同。因此，《伤寒论》是一元论。
二、重病因与重症状不同
《内经》偏重于病因病机辨证，如“风寒湿三气杂至，合而为痹也”(《素问•痹论》)。“寒气客于脉外，则脉寒”(《素问•举痛论》)。“诸风掉眩，皆属于肝，诸寒收引，皆属于肾；诸湿肿满，皆属于脾(《素问•至真要大论》)。“春伤于风，邪气留连，乃为洞泄”(《素问•生气通天论》)。“先伤于风，而后伤于寒，故先热而后寒也”(《素问•疟论》)。其注重临床病因病机的辨证，治疗多推衍脏腑经络的虚实寒热表里阴阳、具体致病之外邪，如风寒束表(肺)，用辛温解表(宣肺)；若风热束表(肺)，治用辛凉解表(宣肺)。根据气候、季节判定外邪的属性来指导治疗，如秋冬多为风寒束表，多宜辛温；春夏多为风温犯表，多宜辛凉。
《伤寒论》的辨证主要依据人体患病后所反应出的症状特点、病情、病性，也即形成的证来治病，针对的是证的寒热虚实、表里阴阳，不推论经脉流注、致病的具体外邪。凡在表者发汗解表，阳热实证(太阳病)无汗者用麻黄类方药，有汗者用桂枝类方药；阴寒虚证(少阴病)无汗者用麻黄附子甘草汤，有汗者用桂枝加附子汤。多用辛温解表方，没有辛凉解表方，只有在里热、阳明里热时方用辛凉清里，而不是解表。更重要的是，六经概念不同而治疗也不同。《内经》谓“三阳经络皆受其病，而未入于脏者，故可汗而已”，即认为三阳病皆可用汗法。而《伤寒》的少阳病治用和法；阳明病治用清里热法，皆忌用汗法。对三阴的治疗更不同，《内经》谓“三阴三阳五脏六腑皆受病…其未满三日者，可汗而已，其满三日者，可泄而已”；《伤寒论》的三阴病，除少阴病用汗法外，太阴病、厥阴病皆忌用汗法和泄下法。
三、治分内伤和外感不同
《素问•通评虚实论》曰：“邪气盛则实，精气夺则虚”。《内经》中有很多篇章论述了五脏虚损造成的各种无外邪的虚劳病证及外邪造成的邪实之证，在后世衍变为内伤病和外感病，治疗分成补虚和祛邪。
《伤寒论》的六经是人体患病后正邪相争反映出的六种证候，以疾病反应出的症状为辨证、治疗依据，不把疾病分为内伤和外感。治疗时多宗扶正祛邪，如太阳病的麻黄汤、桂枝汤温中解表，少阴病的麻黄附子甘草汤、桂枝加附子汤温阳解表，太阴病的理中汤温中祛寒邪等。
《内经》以五脏五行、经络流注为生理病理基础，论病则以其五脏六气变化为主，其重视五行六气、五脏附会五行，如“病之生变，气相得则微，不相得则甚；气有余则制己所胜而侮所不胜，其不及则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之”(《素问•五运行大论》)。其从多方面论述了病因病机，即治疗不但治本脏病，还要考虑脏腑的生克。临床辨证治疗可从五个方面考虑，遇一病(证)时，既可从心论治，也可从脾论治，从肾论治，从肝论治，从肺论治。因此，辨证论治是五元论。
《伤寒论》以六经辨证、再辨方证，即凡遇病(证)先辨六经所属，治疗时再辨方证，有是证，用是方，用是药，与《内经》的五元论显然不同。因此，《伤寒论》是一元论。
二、重病因与重症状不同
《内经》偏重于病因病机辨证，如“风寒湿三气杂至，合而为痹也”(《素问•痹论》)。“寒气客于脉外，则脉寒”(《素问•举痛论》)。“诸风掉眩，皆属于肝，诸寒收引，皆属于肾；诸湿肿满，皆属于脾(《素问•至真要大论》)。“春伤于风，邪气留连，乃为洞泄”(《素问•生气通天论》)。“先伤于风，而后伤于寒，故先热而后寒也”(《素问•疟论》)。其注重临床病因病机的辨证，治疗多推衍脏腑经络的虚实寒热表里阴阳、具体致病之外邪，如风寒束表(肺)，用辛温解表(宣肺)；若风热束表(肺)，治用辛凉解表(宣肺)。根据气候、季节判定外邪的属性来指导治疗，如秋冬多为风寒束表，多宜辛温；春夏多为风温犯表，多宜辛凉。
《伤寒论》的辨证主要依据人体患病后所反应出的症状特点、病情、病性，也即形成的证来治病，针对的是证的寒热虚实、表里阴阳，不推论经脉流注、致病的具体外邪。凡在表者发汗解表，阳热实证(太阳病)无汗者用麻黄类方药，有汗者用桂枝类方药；阴寒虚证(少阴病)无汗者用麻黄附子甘草汤，有汗者用桂枝加附子汤。多用辛温解表方，没有辛凉解表方，只有在里热、阳明里热时方用辛凉清里，而不是解表。更重要的是，六经概念不同而治疗也不同。《内经》谓“三阳经络皆受其病，而未入于脏者，故可汗而已”，即认为三阳病皆可用汗法。而《伤寒》的少阳病治用和法；阳明病治用清里热法，皆忌用汗法。对三阴的治疗更不同，《内经》谓“三阴三阳五脏六腑皆受病…其未满三日者，可汗而已，其满三日者，可泄而已”；《伤寒论》的三阴病，除少阴病用汗法外，太阴病、厥阴病皆忌用汗法和泄下法。
三、治分内伤和外感不同
《素问•通评虚实论》曰：“邪气盛则实，精气夺则虚”。《内经》中有很多篇章论述了五脏虚损造成的各种无外邪的虚劳病证及外邪造成的邪实之证，在后世衍变为内伤病和外感病，治疗分成补虚和祛邪。
《伤寒论》的六经是人体患病后正邪相争反映出的六种证候，以疾病反应出的症状为辨证、治疗依据，不把疾病分为内伤和外感。治疗时多宗扶正祛邪，如太阳病的麻黄汤、桂枝汤温中解表，少阴病的麻黄附子甘草汤、桂枝加附子汤温阳解表，太阴病的理中汤温中祛寒邪等。