本篇内容主要是讨论了根穴和结穴在治疗上的作用，同时阐明根本本末与治疗的关系，故篇名《根结》。
本篇论述三阴三阳经根与结的部位及穴名；由于人体内脏和四时气候相应，这种相应，是由于阴阳各经脉所具有开阖枢作用来沟通的。并指出开阖枢的不同作用失常与其所主疾病的密切关系。
文中阐述阴阳诸经的根结、终始，以及脉动五十而代的原理。在治疗上，又提出了对不同的体质，针刺应有疾、徐、浅、深、多、少的区别。
【原文】岐伯曰：天地相感，寒暖相移，阴阳之道，孰少孰多，阴道偶，阳道奇。发于春夏，阴气少，阳气多，阴阳不调，何补何泻？发于秋冬，阳气少，阴气多；阴气盛而阳气衰，故茎叶枯槁，湿雨下归，阴阳相移，何泻何补？奇邪离经①，不可胜数，不知根结②，五脏六腑，折关败枢③，开阖而走，阴阳大失，不可复取。九针之玄，要在终始；故能知终始，一言而毕，不知终始，针道咸绝。
【词解】
① 奇邪离经：奇邪，即不正邪气；离，罹也，侵入的意思。指不正邪气，侵入经络。
② 根结：根有根本之意，结有终结之意。《灵枢注证发微》注：“脉气所起为根，所归为结。”
③ 折关败枢：即是开阖枢被破坏。关，是代表开阖的意思。《灵枢注证发微》注：“今曰关者，是有关乃所以开阖也。”
【语释】岐伯说：天气地气相互感应，于是出现了寒往而暖至，暖去则寒来的气候转移，这种转移，存在着阴阳变化的规律，而这种规律是由于阴阳气的多少和阴数偶、阳数奇，在一年四季中所构成的阴阳盛衰表现。而人体时刻受自然气候变化的影响，假如发于春夏的病，此季节为阴气少而阳气多、疾病也会受到自然的影响，出现了阴阳不相协调的病变，在治疗上要根据自然界阴阳气多少，来运用补泻刺法。如果是发于秋冬的病，此季节为阳气少而阴气多，疾病同样也受到自然的影响；自然界阴气盛阳气衰的表现现象，如树木的茎叶枯萎凋落，而水湿下渗滋养着它的根部。而在人体也就会出现阴阳相移的病变，在治疗上必须根据具体情况运用补泻刺法。
感受了四时不正之邪气侵入经络，变化多端，由于治疗不当使病邪离开经脉，而深入到脏腑，变化无穷，因而形成很多的病。临床上必须掌握经脉的根结本末，和经脉气血的终始才能运用针刺方法。不然的话，五脏六腑三阴三阳所属的开阖枢出入的作用就会破坏，以致关门折损，枢纽败坏，内外出入的作用失掉，身体内外的阴阳气遭到损伤，这样再用针刺治疗也不可能恢复了。至于九针的运用，全在于调合根结本末的妙用，它的主要内容在本书的《终始篇》中有较详细的阐述。所以说能够掌握《终始篇》的内容，就可以将九针的理论和运用一句话说完；若不了解《终始篇》的内容精神，九针的理论和运用，是无法得知的。
原文
太阳根于至阴，结于命门①，命门者，目也。阳明根于厉兑，结于颞大②，颞大者，钳耳也。少阳根于窍阴，结于窗笼③，窗笼者，耳中也。太阳为开，阳明为阖，少阳为枢，故开折则内节渎而暴病起矣。故暴病者，取之太阳，视有余不足。渎者，皮肉宛腨④而弱也。阖折则气无所止息，而痿疾起矣，故痿疾者，取之阳明，视有余不足。无所止息者，真气稽留，邪气居之也。枢折即骨繇⑤而不安于地，故骨繇者，取之少阳，视有余不足。骨繇者，节缓而不收也。所谓骨繇者，摇故也，当穷其本也。
词解
① 命门：这里是指的目内眦睛明穴。
② 颞大：就是头维穴。《医学纲目》说：“颞大谓额角入发际，头维二穴也。以其钳束于耳上，故名钳耳。”
③ 窗笼：即听宫穴。
④ 宛腨：宛，音义与郁同；腨（jiāo音焦），肌肉不丰满的意思。
⑤ 骨繇：繇（yáo摇）骨节弛缓，收缩不能自主。《灵枢注证发微》注：“所谓骨繇者，正以其骨缓而不能收，即骨之动摇者也。”
语释
足太阳膀胱经，根起于足部的至阴穴，上结于命门，命门即目内眦的睛明穴。足阳明胃经，起于足部的厉兑穴，上结于颞大，颞大就是钳耳，也就是头维穴。足少阳胆经，根起于足部的窍阴穴，上结于窗笼，窗笼就是耳中，也就是听宫穴。太阳主表为开，阳明主里为阖，少阳介乎表里之间，转输内外，如门户的枢纽，故称为枢。所以太阳失掉开的机能，则皮肤肌肉干枯，病邪容易侵入，从而发生暴疾，在治疗上或补或泻，当从太阳经取治。阳明在里为阖，是供给肺精气的源泉，倘若阖的功能受到损伤，则真气稽留，邪气留止，就容易发生痿证，在治疗上或补或泻当从阳明经取治。少阳为枢主骨，如果少阳失掉为枢的机能，容易发生骨节弛缓不能收缩，从而不能安然行走的骨繇病，在治疗上或补或泻，当从少阳经取治。综上所述，要根据三阳经开阖枢的不同作用和病证，给予适当的治疗，就应当从这些病例中彻底去认识它的本质。
【原文】太阴根于隐白，结于太仓①。少阴根于涌泉，结于廉泉②。厥阴根于大敦，结于玉英③，络于膻中。太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。故开折则仓廪④无所输，膈洞⑤，膈洞者，取之太阴，视有余不足，故开折者，气不足而生病也。阖折，即气绝而喜悲，悲者，取之厥阴，视有余不足。枢折，则脉有所结而不通，不通者，取之少阴，视有余不足，有结者，皆取之不足。
【词解】
① 太仓：即中脘穴。《甲乙经》：“中脘一名太仓。”
② 廉泉：任脉穴，在结喉上中央陷中。
③ 玉英：任脉穴，即玉堂，在膻中穴上一寸六分。《甲乙经》：“玉堂一名玉英”。
④ 仓廪：谷藏曰仓，米藏曰廪。这里指的是胃有收纳饮食物的功能而言。
⑤ 膈洞：指的是两种病证，膈为膈上阻隔，洞为洞泄。
【语释】 足太阴脾经，根起于隐白穴，上结于太仓穴。足少阴肾经，根起于涌泉，上结于廉泉。足厥阴肝经，其根起于大敦，上结于玉英，向下联络于膻中穴。太阴是三阴之表，为开；厥阴是三阴之里，为阖；少阴介于表里之间，为枢。太阴主脾，在表为开，所以开的功能受到损失，脾失健运，不能转输水谷之精气，在上则膈塞不通，在下则为水泻无度的洞泄病。在治疗时当刺足太阴脾经的经穴，根据病情的虚实，泻其有余，补其不足。所以开的功能受到损伤，也就是脾中的阳气不足所发生的疾病。厥阴主肝，在里为阖，阖的功能受到损伤，则肝气阻绝于里，肺来克制，就会发生善悲的病。治疗这种病证，应取足厥阴肝经穴，根据其虚实情况，泻其有余，补其不足。少阴主肾，介于表里之间为枢，枢的功能受伤，则肾脉有所郁结而下焦不通，在治疗上可取足少阴肾经穴，根据病情的虚实，泻其有余，补其不足。这种有郁结的病证，是由于正气不足，当采用“虚则补之”的方法。
【原文】 足太阳根于至阴，溜于京骨，注于昆仑，入于天柱、飞扬也；足少阳根于窍阴，溜于丘墟，注于阳辅，入于天冲〔1〕、光明也；足阳明根于厉兑，溜于冲阳，注入下陵〔2〕，入于人迎、丰隆也；手太阳根于少泽、溜于阳谷，注于少海，入于天窗、支正也；手少阳根于关冲，溜于阳池，注于支沟，入于天牖、外关也；手阳明根于商阳，溜于合谷，注于阳溪，入于扶突、偏历也。此所谓十二经者，盛络皆当取之。
【校勘】
〔1〕天冲：原为天容。据各注家及原文意改。
[2] 下陵：即解溪穴。
【语释】足太阳膀胱经，根起于至阴（井穴），溜于京骨（原穴），注于昆仑（经穴），上入于颈部天柱穴，下络于踹部的飞扬穴；足少阳胆经，根起于窍阴（井穴），溜于丘墟（原穴），注于阳辅（经穴），上入于头部的天冲穴，下络于足胫部的光明穴；足阳明胃经，根起于厉兑（井穴），溜于冲阳（原穴），注于三里（合穴），上入颈部的人迎穴，下络于胫部的丰隆穴；手太阳小肠经，根起于少泽（井穴），溜于阳谷（经穴），注于小海（合穴），上入于颈部的天窗穴，下络于臂前的支正穴；手少阳三焦经，根起于关冲（井穴），溜于阳池（原穴），注于支沟（经穴），上入于颈部的天牖穴，下络于腕后的外关穴；手阳明大肠经，根起于商阳（井穴），溜于合谷（原穴），注于阳溪（经穴），上入于颈部的扶突穴，下络腕后上侧的偏历穴。综上所述，这就是所谓手足六阳经左右共十二经的根、流、注入的穴位，凡有血气在经络中有充盛的现象，都应当取用这些穴位而泻之。
【按语】前面两节经文，是统论三阴三阳之经气合于六经，都有根穴和结穴，根于下而结于上。本节列举六阳经的根、流、注等穴位，并有上入下络的穴位。特别注重每条经络上的井穴、经穴、原穴、络穴，以及颈部的若干要穴，对指导临床是有重要意义的。
【原文】一日一夜，五十营①，以营五脏之精，不应数者，名曰狂生②。所谓五十营者，五脏皆受气，持其脉口，数其至也，五十动而不一代③者，五脏皆受气；四十动一代者，一脏无气；三十动一代者，二脏无气；二十动一代者，三脏无气；十动一代者，四脏无气；不满十动一代者，五脏无气。予之短期④，要在终始。所谓五十动而不一代者，以为常也。以知五脏之期，予之短期者，乍数乍疏也。
【词解】
①五十营：指经气一昼一夜周行于体内五十次，以营运五脏之精气。
②狂生：即妄生的意思，指生命不按正常规律。
③代：代替之意，脉来歇止良久自还为代。或见乍数乍疏亦称代。
④短期：指生命短期。这里指死期，《内经知要》注：“短，近也，死期近矣。”
【语释】
经脉之气，在一日一夜中五十周于人身，以营运五脏之精气，倘有太过或不及，不能适合五十周的规律，就是失于正常现象，叫做狂生。所说的经脉五十营的意义，主要是使五脏都能接受到精气的营养，这可以从切脉的寸口部位上，计算脉搏跳动的次数，从而测知脏气的盛衰。如果脉搏跳动五十次而没有歇止现象的，说明了五脏都能接受到精气营养而健全，若四十跳而有一歇止现象的，为其中有一脏不正常；三十跳而有一歇止现象的，为其中有二脏不正常；在二十跳而有一歇止现象的，为其中三脏不正常；在十跳而有一歇止的，为其中四脏不正常；若不满十跳而有一歇止的，为五脏都不正常的现象。见到这种歇止的代脉脉象，可以预料他的死期将近，其要点在本经《终始篇》中已经大体论述。所谓五十动而不出现代脉的，是正常现象，可以察知五脏受气正常。若脉象出现乍数乍疏的情况，也可断定它的生命短期。
【原文】 黄帝曰：逆顺五体①者，言人骨节之大小，肉之坚脆，皮之厚薄，血之清浊，气之滑涩，脉之长短，血之多少，经络之数，余已知之矣，此皆布衣匹夫之士②也。夫王公大人③，血食之君，身体柔脆，肌肉软弱，血气慓悍④滑利，其刺之徐疾浅深多少，可得同之乎？岐伯答曰：膏粱菽藿⑤之味，何可同也。气滑即出疾；其气涩，则出迟。气悍，则针小而入浅，气涩，则针大而入深，深则欲留，浅则欲疾。以此观之，刺布衣者，深以留之，刺大人者，微以疾之[1]，此皆因气慓悍滑利也。
【校勘】 [1]微以疾之：原文为“徐”字，今改“疾”字。据《灵枢识》认为“似徐是疾之误。”
【词解】
① 逆顺五体：逆，形与气不相称；顺，形气相称。五体，系指五种不同类型的人，详见本经《阴阳二十五人篇》。
② 布衣匹夫之士：是当时对劳动人民的称呼。
③ 王公大人：是当时统治阶级自高称呼。
④ 慓悍：形容血气运行疾速。慓（piāo音飘），急的意思。悍（hàn音翰），勇猛的意思。
⑤ 膏粱菽藿：膏粱，是指肥甘美味。菽藿，是指粗粮、蔬菜。
【语释】 黄帝说：人的形体有五种，禀赋不同，骨节有大小，肌肉有强弱，皮肤有厚薄，血液有清浊，气的运行有滑涩，脉道有长短，血分有多有少，以及十二经脉和十五络脉等皆有大数，我已知道了，这些都是指劳动人民说的，至于那些膏粱厚味的王公大人，他们身体脆弱，肌肉软弱，血气的运行是急速而滑利，象这样养尊处优的人们，他们的体质和生活情况与劳动人民迥然不同，而在治疗时，运用针刺手法的快慢、进针的深浅、取穴的多少，也可以相同吗？岐伯回答说：吃肥甘美味的人和吃糠菜粗粮的人，由于其气质不同，刺针的方法，怎么能相同呢？一般针刺的原则，凡是针下感应滑利的，要快些出针，针下的感应涩滞的，要慢些出针；气行滑利，得气很快的，宜用小针浅刺；气行涩滞，得气慢的，可采用大针，深刺；深刺需要留针，浅刺的出针要快。从以上刺法看，若针刺身体强壮的病人，可以深刺和留针，针刺养尊处优的病人，宜用微细的针，浅刺疾出，由于这种人的气行滑利而感觉敏捷惧怕痛的缘故。
【原文】黄帝曰：形气之逆顺奈何？岐伯曰：形气①不足，病气②有余，是邪胜也，急泻之；形气有余，病气不足，急补之；形气不足，病气不足，此阴阳俱不足也，不可刺之，刺之则重不足，重不足则阴阳俱竭，血气皆尽，五脏空虚，筋骨髓枯，老者绝灭，壮者不复矣。形气有余，病气有余，此谓阴阳俱有余也。急泻其邪，调其虚实。故曰：有余者泻之，不足者补之，此之谓也。
【词解】
①形气：指形体的外貌。
②病气：指邪正斗争的表现。
【语释】黄帝说：从形体之强弱与病气的轻重来掌握补泻，应当怎样做呢？岐伯说：外表出现形气不足，而邪气有余，这是外虚内实，是邪气胜于正气的表现，应当急用泻法以祛其邪。反之，外表的形气有余，而病气不足，这是外实内虚，是正气不能抗邪的表现，应当急用补法以扶其正。如果形气不足，病气也不足的话，这是阴阳表里之气都不足的表现，这样的病若误用了针刺治疗，就会加重了它的不足，虚上加虚，而导致人体内外阴阳都衰竭，血气耗尽，五脏的精气虚空，筋骨痿弱，骨髓枯竭。老年人精气已衰，再加由衰而竭很快就会死亡。年少的也会因此误治伤损精气难以恢复。如果形气和病气都有余，这是阴阳都有余，可采用泻法，排除其邪气，调整其正气。所以说病有余的，属实证；病不足的，属虚证。实证宜泻，虚证宜补，就是这个道理。
【原文】故曰：刺不知顺逆，真邪相搏。满而补之，则阴阳四溢，肠胃充郭，肝肺内瞋，阴阳相错。虚而泻之，则经脉空虚，血气竭枯，肠胃儡辟①，皮肤薄著，毛腠夭膲，予之死期。
【词解】①儡辟：形容皮肤松弛有皱纹的意思。儡与憍同（shè音射）。
【语释】所以说，在针法上不知道顺逆补泻作用，以及正邪消长的情况，对邪气盛的病变而误用补法，其后果必阴阳错乱，胃肠邪气充满，肝肺二脏发生瞋胀。反之，如果虚证而用了泻法，必致经脉空虚，血气枯竭，胃肠衰弱而消化无力，皮肤瘦薄而枯涩，毛腠也焦枯，这样就可断定离死亡不远了。
【原文】故曰：用针之要，在于知调阴与阳，调阴与阳，精气乃充[1]，合形与气，使神内藏。故曰：上工平气，中工乱脉，下工绝气危生。故曰：下工不可不慎也，必审五脏变化之病，五脉知应，经络之虚实，皮之柔粗，而后取之也。
【校勘】〔1〕精气乃充：充原为光。据《甲乙经》卷二改。
【语释】所以针刺的主要关键，在于调理阴阳，阴阳协调平衡，则精气外充，神气内守，这样就形与气相合了。因此说，能够了解阴阳虚实，来进行补偏救弊的称为上工；医疗技术不很好的中工，尚未明确阴阳的虚实，就去治疗，往往会扰乱了经脉，而发生事故；下工是阴阳虚实不能辨，只是一味的耗绝气血，危害病人的性命。所以说，象下工那样的医疗方法，是不可不慎重的。在针刺之前，必须详细察明五脏病变和脉象是否相应，经络的虚实，以及皮肤的柔润与粗糙，然后方可运用针刺疗法。
结语
本篇开首论述了人体脏腑与外界自然气候相应的整体观。而这种相应的关键在于阴阳，因此，强调根结穴的治疗作用是调整经脉阴阳的开阖枢，不然的话“折关败枢，开阖而走，阴阳大失，不可复取。”至于经脉根结穴的名称本文都作了论述，如“太阳根于至阴，结于命门，命门者，目也；阳明根于厉兑，结于颡大；少阳根于窍阴，结于窗笼。”“太阴根于隐白，结于太仓；少阴根于涌泉，结于廉泉；厥阴根于大敦，结于玉英。”同时根据经脉阴阳气的多少其作用，又有开阖枢之分。即“太阳为开，阳明为阖，少阳为枢”；“太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢。”根据病情的有余不足，运用根结穴，本文指出取结穴以治不足，取根穴以治有余。此外，本文还论述了手足三阳经脉的根、溜、注、入各穴。如“足太阳根于至阴，溜于京骨，注于昆仑，入于天柱、飞扬也。”这种根、溜、注、入的穴位，就是经气流行的部位。所以说经气一昼夜营运五十周。因此，从脉搏的歇止情况，以测知五脏之气的盛衰，所以说正常的脉搏是没有歇止的，即本文所说“五十动而不代者，以为常也。”这种歇止的意义，给我们提示了脉诊的须用时间。