章太炎先生是一位对史学、文学、古典医学均颇有造诣的学者。对于中医的四大经典著作，太炎先生均有所考证，分别作《论素问灵枢》、《论伤寒论原本及注家优劣》、《金匮玉函经校录》、《论本草不始子仪》等。太炎先生对医学之研究“上不取《灵枢》、《内》、《难》，下不采薛、叶诸家”，不人云亦云，好自探古寻源、考证，故在其医论中不乏对医史、医家、文献考证、训诂的论述。
一、对医家的考证
太炎先生在多篇著作中考证了张仲景、王叔和的籍贯、年代、名字、字号、官职等。其始见于《医故》眉批中，后有《张仲景事状考》、《王叔和考》专著，又散见于《菿(dào，大；草大的样子)汉微言》之中。其通过《隋志》、《御览·何永别传》、《张仲景方序》、高湛《养生论》等引证，指出仲景确系南阳人，得仓公之传，于建安七、八年间，始作《伤寒》。
王叔和之名，在林亿所引《名医录》中无有，后由《御览·七百二十》引高湛《养生论》知乃高平人，故《千金方·二十六食治篇》曰：“高平王熙，即高平王叔和也，叔和名熙，乃赖此一见耳”。
二、对《伤寒论》注解的考证
《伤寒论》历来注家众多，太炎先生对王叔和、成无己、赵清常、林亿、宋文宪、柯韵伯、张隐庵、黄元御、陈修园诸家之注释均一一予以考证、评注，指出其优劣长短。其尤为推崇林氏所校之《伤寒论》及柯氏《论翼》，赞其“柯氏《伤寒论翼疏》发大义，杰然出诸家上…聪明特达，于作者真为素臣”。后又指出王叔和的主要错误，为强引《内经》释《伤寒》：“《伤寒论》自王叔和偏次，逮及两宋，未有异言。叔和之失，独在以《内经》一日一经之说强相附会，遂失仲景大义”。对其他医书也进行了考证，提出“医书大抵上取先唐，兼存两宋，金、元、明诸家著述，略不必观，明末喻家言，近世柯韵伯、徐忠可之书，是所应览。叶天士、吴鞠通浅薄之言，不足尚也。自唐以前旧藉不过十部，《灵枢》、《素问》诚是元龟，所重乃在经脉出入、疾病传变，其附会五行者，但当置之。《八十一难》虽是古书，而妖妄之言甚众，亦当取其一二。近道者惟《伤寒论》、《金匮要略》，语皆精审，绝少附会五行之语，审证处方，非是莫赖”。这些考证对于研究《伤寒论》等中医古籍提供了重要线索和依据。
三、对经文舛错
太炎先生通过大量文献，并通过个人卓识予以校正，如对《伤寒论》的考证指出：“林亿等校定《伤寒论》，据开宝中节度史高继冲所进上者，以其文理舛错，施以校雠，而校语亦为成注本所删，如太阳篇有云：‘寒实结胸无热证者，与三物小陷胸汤，白散亦可服’。柯氏以为黄连、巴豆寒热天渊，改定其文，作与三白小陷胸汤，即桔梗、贝母、巴豆三物者，是不悟。单论本林校有云：一云与三物小白散，此仲景所著，叔和所编者，其文本然。《千金翼方》第九卷云：寒实结胸，无热证者，与三物白散，其下即疏桔梗、巴豆、贝母方，是其证也。写者于‘三物小’下误入‘陷胸汤’三字，因于白散下臆增‘亦可服’三字，方治相反，揉在一证。成注本唯据此本，而不出一本异文，遂启柯氏之疑，柯氏改订，于义近之矣”(《伤寒论》称白散，《金匮》引《外台》称桔梗白散，宜注意)。
四、对《金匮要略》的考证
太炎先生认为妇人妊娠、产后、杂病脉证并治三篇，是记载治疗妇人疾病最古之文，他指出古虽有“重胎教之道”，而不及于方药，古之名医，“扁鹊之为带下医”、“华佗能为李将军妻下针去死胎”，但前者未尝有书，后者之书亦不传，故《金匮》是为最古治疗妇人疾书，为有关妇产科著作作了考证。可见章氏对《伤寒论》研读之深，考证功夫非同一般，不但有极高的文字水平，而且有中医理论水平，深值后学师之。
五、对《伤寒论》与《内经》理论的不同考证
太炎先生通过对《内经》、《难经》、《伤寒论》的全面研究，率先提出《伤寒论》与《内经》的主要不同是五行的取舍。太炎先生认为中医不应把五行用作理论，指出，中医把五行运用于说理工具根源在《内经》。其在《论素问灵枢》一文中指出“《素问》、《灵枢》、《八十一难》所说脏腑部位、经脉流注，多与实验不相应，其以五行比附者，尤多虚言”。“仆与余氏往来频数，观其意，似以《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》为有用，而上不取《灵》、《素》、《难经》，以其言脏腑血脉之多违也。下不取四大家，以其言五行之为辞遁也”。并多次指明仲景不用五行之说“若乃不袭脏腑血脉之讹，不拘五行生克之论者，盖独仲景一人耳”，并指出“金元诸家喜以五行笼罩，正与仲景相反，要之，六气可凭，五行、五运不可据也”。可知太炎先生的“上不取”和“下不取”，主要是沿用五行说理。
六、对六经实质的考证
《伤寒论》以六经分证，太炎先生认为六经不同于《内经》的十二经脉含义，并认为柯氏《论翼》谓：“经为径界，然仲景本未直用经字，太阳等六篇，并不加经字，犹曰：太阳部、阳明部耳”，并提出了自己的见解。六经的传变是《伤寒论》中病证传变的一种形式，王叔和、柯韵伯对此均有注释，太炎先生亦认为王叔和强引《内经》一日传一经之说，误也。因“仲景并无是言”，且以阳明篇有云：“阳明居中，土也，无所复传，可见阳明无再传三阴之理。更观太阳篇中，有云二三日者，有云八九日者，甚至有云过经七余日不解者”为据，指出“何尝日传一经耶”。并赞柯氏“曾谓仲景各有提纲，非定以次相传”，其语甚确，故提出“六经遞传之说，余以为不能成立”。也就是说，六经是径界、部位、病位的概念，不是脏腑、经络的概念。
七、对温病与伤寒关系的考证
温病学说是由于清代传染病流行后逐渐发展形成的中医学派，其时有“伤寒论不涉温病”之说，太炎先生通过考证予以驳斥，先后撰写《杂论温病》、《温病自口鼻入论》、《治温退热论》等文章，论述伤寒与温病之异同、演变。其一，太炎先生认为“《伤寒论》本为广义伤寒，中风、温热悉在其中”。“以为《伤寒论》只论伤寒，与温病无干，讵知《伤寒论》提纲中已说明”。其二，太炎先生认为所谓“伤寒由皮毛而入，温疫由口鼻而入”；“其实两者，亦皆互有，而总以从毛窍入者为多”。其以“毛窍肌肤，无时不与空气接触也，口鼻呼吸，无时不与空气迎送也”；以及春温“是始之寒由皮毛肌肤而入，终之热由皮毛肌肤而出”之语为据，指出“伤寒初中亦未有不兼口鼻者”，温病“更自皮毛肌肤侵入无疑”。且以“若果尽从口鼻而入，何以治法中有汗法乎？”反驳温病单从口鼻入论。其三，从伤寒、温病之治法用药为据，指出“吴鞠通、王孟英疗治温病，仍采栀豉、白虎、承气诸汤”，若“《伤寒论》必不兼温热”，绝不相涉，则诸方亦不可用矣。从各方面论述了伤寒与温病之内在联系。太炎先生的考证和论述，对于正确认识伤寒和温病起到了重要指导作用。
从以上观点可看出，太炎先生对中医文献考证是多方面的，其对《伤寒论》的考证最多、最精、最深。其赞《伤寒论》“为吾土辨析最详之著作”，盛赞代表中医为国争光者莫过于《伤寒论》，“中医之胜于西医者，大抵《伤寒》为独甚”。在他的医论集里，有关《伤寒》研究的论文最多，专著有20余篇，涉及《伤寒》者70余篇，由此可知《伤寒》在太炎先生心目中的地位。他对《伤寒》的研究亦是多方面的。
一、对医家的考证
太炎先生在多篇著作中考证了张仲景、王叔和的籍贯、年代、名字、字号、官职等。其始见于《医故》眉批中，后有《张仲景事状考》、《王叔和考》专著，又散见于《菿(dào，大；草大的样子)汉微言》之中。其通过《隋志》、《御览·何永别传》、《张仲景方序》、高湛《养生论》等引证，指出仲景确系南阳人，得仓公之传，于建安七、八年间，始作《伤寒》。
王叔和之名，在林亿所引《名医录》中无有，后由《御览·七百二十》引高湛《养生论》知乃高平人，故《千金方·二十六食治篇》曰：“高平王熙，即高平王叔和也，叔和名熙，乃赖此一见耳”。
二、对《伤寒论》注解的考证
《伤寒论》历来注家众多，太炎先生对王叔和、成无己、赵清常、林亿、宋文宪、柯韵伯、张隐庵、黄元御、陈修园诸家之注释均一一予以考证、评注，指出其优劣长短。其尤为推崇林氏所校之《伤寒论》及柯氏《论翼》，赞其“柯氏《伤寒论翼疏》发大义，杰然出诸家上…聪明特达，于作者真为素臣”。后又指出王叔和的主要错误，为强引《内经》释《伤寒》：“《伤寒论》自王叔和偏次，逮及两宋，未有异言。叔和之失，独在以《内经》一日一经之说强相附会，遂失仲景大义”。对其他医书也进行了考证，提出“医书大抵上取先唐，兼存两宋，金、元、明诸家著述，略不必观，明末喻家言，近世柯韵伯、徐忠可之书，是所应览。叶天士、吴鞠通浅薄之言，不足尚也。自唐以前旧藉不过十部，《灵枢》、《素问》诚是元龟，所重乃在经脉出入、疾病传变，其附会五行者，但当置之。《八十一难》虽是古书，而妖妄之言甚众，亦当取其一二。近道者惟《伤寒论》、《金匮要略》，语皆精审，绝少附会五行之语，审证处方，非是莫赖”。这些考证对于研究《伤寒论》等中医古籍提供了重要线索和依据。
三、对经文舛错
太炎先生通过大量文献，并通过个人卓识予以校正，如对《伤寒论》的考证指出：“林亿等校定《伤寒论》，据开宝中节度史高继冲所进上者，以其文理舛错，施以校雠，而校语亦为成注本所删，如太阳篇有云：‘寒实结胸无热证者，与三物小陷胸汤，白散亦可服’。柯氏以为黄连、巴豆寒热天渊，改定其文，作与三白小陷胸汤，即桔梗、贝母、巴豆三物者，是不悟。单论本林校有云：一云与三物小白散，此仲景所著，叔和所编者，其文本然。《千金翼方》第九卷云：寒实结胸，无热证者，与三物白散，其下即疏桔梗、巴豆、贝母方，是其证也。写者于‘三物小’下误入‘陷胸汤’三字，因于白散下臆增‘亦可服’三字，方治相反，揉在一证。成注本唯据此本，而不出一本异文，遂启柯氏之疑，柯氏改订，于义近之矣”(《伤寒论》称白散，《金匮》引《外台》称桔梗白散，宜注意)。
四、对《金匮要略》的考证
太炎先生认为妇人妊娠、产后、杂病脉证并治三篇，是记载治疗妇人疾病最古之文，他指出古虽有“重胎教之道”，而不及于方药，古之名医，“扁鹊之为带下医”、“华佗能为李将军妻下针去死胎”，但前者未尝有书，后者之书亦不传，故《金匮》是为最古治疗妇人疾书，为有关妇产科著作作了考证。可见章氏对《伤寒论》研读之深，考证功夫非同一般，不但有极高的文字水平，而且有中医理论水平，深值后学师之。
五、对《伤寒论》与《内经》理论的不同考证
太炎先生通过对《内经》、《难经》、《伤寒论》的全面研究，率先提出《伤寒论》与《内经》的主要不同是五行的取舍。太炎先生认为中医不应把五行用作理论，指出，中医把五行运用于说理工具根源在《内经》。其在《论素问灵枢》一文中指出“《素问》、《灵枢》、《八十一难》所说脏腑部位、经脉流注，多与实验不相应，其以五行比附者，尤多虚言”。“仆与余氏往来频数，观其意，似以《伤寒》、《金匮》、《千金》、《外台》为有用，而上不取《灵》、《素》、《难经》，以其言脏腑血脉之多违也。下不取四大家，以其言五行之为辞遁也”。并多次指明仲景不用五行之说“若乃不袭脏腑血脉之讹，不拘五行生克之论者，盖独仲景一人耳”，并指出“金元诸家喜以五行笼罩，正与仲景相反，要之，六气可凭，五行、五运不可据也”。可知太炎先生的“上不取”和“下不取”，主要是沿用五行说理。
六、对六经实质的考证
《伤寒论》以六经分证，太炎先生认为六经不同于《内经》的十二经脉含义，并认为柯氏《论翼》谓：“经为径界，然仲景本未直用经字，太阳等六篇，并不加经字，犹曰：太阳部、阳明部耳”，并提出了自己的见解。六经的传变是《伤寒论》中病证传变的一种形式，王叔和、柯韵伯对此均有注释，太炎先生亦认为王叔和强引《内经》一日传一经之说，误也。因“仲景并无是言”，且以阳明篇有云：“阳明居中，土也，无所复传，可见阳明无再传三阴之理。更观太阳篇中，有云二三日者，有云八九日者，甚至有云过经七余日不解者”为据，指出“何尝日传一经耶”。并赞柯氏“曾谓仲景各有提纲，非定以次相传”，其语甚确，故提出“六经遞传之说，余以为不能成立”。也就是说，六经是径界、部位、病位的概念，不是脏腑、经络的概念。
七、对温病与伤寒关系的考证
温病学说是由于清代传染病流行后逐渐发展形成的中医学派，其时有“伤寒论不涉温病”之说，太炎先生通过考证予以驳斥，先后撰写《杂论温病》、《温病自口鼻入论》、《治温退热论》等文章，论述伤寒与温病之异同、演变。其一，太炎先生认为“《伤寒论》本为广义伤寒，中风、温热悉在其中”。“以为《伤寒论》只论伤寒，与温病无干，讵知《伤寒论》提纲中已说明”。其二，太炎先生认为所谓“伤寒由皮毛而入，温疫由口鼻而入”；“其实两者，亦皆互有，而总以从毛窍入者为多”。其以“毛窍肌肤，无时不与空气接触也，口鼻呼吸，无时不与空气迎送也”；以及春温“是始之寒由皮毛肌肤而入，终之热由皮毛肌肤而出”之语为据，指出“伤寒初中亦未有不兼口鼻者”，温病“更自皮毛肌肤侵入无疑”。且以“若果尽从口鼻而入，何以治法中有汗法乎？”反驳温病单从口鼻入论。其三，从伤寒、温病之治法用药为据，指出“吴鞠通、王孟英疗治温病，仍采栀豉、白虎、承气诸汤”，若“《伤寒论》必不兼温热”，绝不相涉，则诸方亦不可用矣。从各方面论述了伤寒与温病之内在联系。太炎先生的考证和论述，对于正确认识伤寒和温病起到了重要指导作用。
从以上观点可看出，太炎先生对中医文献考证是多方面的，其对《伤寒论》的考证最多、最精、最深。其赞《伤寒论》“为吾土辨析最详之著作”，盛赞代表中医为国争光者莫过于《伤寒论》，“中医之胜于西医者，大抵《伤寒》为独甚”。在他的医论集里，有关《伤寒》研究的论文最多，专著有20余篇，涉及《伤寒》者70余篇，由此可知《伤寒》在太炎先生心目中的地位。他对《伤寒》的研究亦是多方面的。