灵素不言五脏六腑之形状、位置，故其解剖上之谬误，不可得而指摘。然论医学而不列脏腑之形状、位置，斯即其大谬也。今请进而言其生理官能职掌分配说之荒谬，摘录驳正之于下。
《素问·灵台秘典论篇》曰：“心者，君主之官，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。大肠者，传道之官，变化出焉。小肠者，受盛之官，化物出焉。肾者，作强之官，伎巧出焉。三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”按：吾国旧医不知脑为聪明思虑、颇调感觉之源，灵素言脑者极罕。《灵枢·海论篇》曰：“脑为髓海。髓海有余，则轻动多力，自过其度。髓海不足，则脑转耳鸣，胫酸眩冒，目无所见，懈怠安卧。”是盖以脑为精力所出，而聪明思虑、颇调感觉诸机能不与焉。以精神归诸心，治节归诸肺，谋虑归诸肝，决断归诸胆，喜乐归诸膻中，伎巧归诸肾，支离破碎，无根据实验，穿凿附会，荒唐不经，莫此为甚。
以今日考之，凡知觉转运，皆出于脑。由脑出神经以配四体百骸，有触于外，神经传而至脑，脑受之，积而为智慧，出而为思虑，发而为忧乐，泄而为声音，形而为见闻，运而为动作。脑与神经一有疾，癫狂、痴愚、痰瘫、麻木诸病生焉。而智慧、思虑、言语、动作诸司，又各有部位区域，分别划然，斤斤不乱（如四肢运动在脑之正中沟两侧，颇调机关在小脑，发言写字在前后脑，知觉神经之径道在脊髓后根，运动传路在脊髓前根之类），动物试验之所得，病理解剖之所见，凿凿可据，都成铁案，不容以口舌争也。人之死也，其要约有三：脑毙则死，肺坏则死，心寂则死。心虽为人体重要之脏，安得专以君主目之，且以为神明之所出乎？
若肺，若肝，若胆，若肾，其功能已略述于上章，安得所谓傅相、将军、中正、作强之位号以相比拟，而以治节、谋虑、决断、伎巧归之耶？
其所谓膻中者，不知何物，然此篇论十二脏之相使，而考之《经脉篇》、《血气形志篇》所列十二经，皆无膻中，而有心主、心包络。心主、心包络，一物也，然则以数合之，此所谓膻中者，或即指心包络而言，即今日所谓心囊矣。心囊贮藏液体，以滋润心之外面，他无功用，而谓喜乐出于是，岂不大可笑乎？
其言胃，言大小肠，则差相近此，皆显而易见者，故不致大谬也。
至于言脾之功用，无论其所指为今日之脾或脾，又相去远矣。
《素问·阴阳大象论》曰：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心，肝主目。其在天为玄，在人为道，在地为化。化生五味，道生智，玄生神。神在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝。在色为苍，在音为角，在声为呼，在变动为握，在窍为目，在味为酸，在志为怒。怒伤肝，悲胜怒，风伤筋，燥胜风，酸伤筋，辛胜酸。”又，《五运行》所载与此略同。凡灵素全书，论列藏府之功能、变化，病疾之起伏、传导，内外、表里之关系影响，其谬误本于此，乃荒谬之巢穴也，不得不痛击之。顾其恍惚之论，混茫之说，捉影捕风之言，如"道生智，玄生神"之类，则置之弗辩。
所谓风者，由空气流荡而生。地球各处受太阳之光强弱不同，温热异度，空气受热则膨胀而体积增大，质量加轻，压力加强，强弱、大小、轻重，不得其平则动而流，动而流乃为风，犹水之自高流下也。地球当赤道受太阳光最热烈，地面亦最热，空气亦热，热则轻，故近地面之空气腾而上浮，于是其旁之南北两带之下层空气流向赤道，以补其空而代其位，又热，又上浮，后者又入而相代，故赤道下层之风恒自南北来也。其轻而上浮也，分流而向南北，渐寒而缩而重，而下降于南北近地之层，又渐相代，进而至于赤道，其继而上浮者，又分流，又寒，又缩，又重，又下降于地面。故赤道上层之风，恒向南北去也。此理论之风，规则之最正者也。然地球自转，自西徂东，其率甚速，故风之来去不能正准。地球经度稍偏，向西而行，亦犹疾行者，风自迎面来也。至于山川水陆之阻，地之寒热，不能依规律而定风之行也，不能直前无碍，于是风之方向受地理上、气候上种种复杂之影响，不能如式而推矣。东方非风发源之地，亦非风制造之所，而东方生风之说为不经矣。
木之生也，由种子；种之生也，由胎孕；孕之成也，由雌雄蕊之交。雌雄蕊之相近者，或自为交接；其隔远者，或因蜂，或因蝶，或因鸟，或因风之飘荡而至。是风者，不过诸媒介中之一，焉得以生木之功全归之耶？风之为媒介，不过诸功用中之一种，又焉得以风之功全在生木耶？风非制木之原料，亦非木之父母，安得谓之生木乎？
至于酸，非由木生也。诸强酸，如盐酸、硝酸、硫酸，皆属矿酸；有机酸中，醋酸为强，诸果酸其小焉者也。且木亦不仅生酸，植物有机成分中之有强大生理作用者，乃在碱性反应之类盐基质也。
酸生肝之语，愈不可解。考肝藏之原质，除水及油质、蛋白之外，最多者为动物淀粉，次为普林基，次至于尿酸、肉乳酸之类，其少焉者也。无论其中酸类成分所含极少，即如动物淀粉等，其医化学上生成之原因，亦非待酸而就也，然则酸生肝之说又荒谬矣。
筋，《说文》云：“肉之力也，从肉，从力，从竹。竹，物之多筋者也。”《集韵》又音干，曰：“大腱也。”以古代之知识推之，即今之所谓腱（Sehoe）。胎生学上，筋之发生，不与肝相涉也。肝之生也，由内胚叶；筋肉之生也，由中胚叶。自受胎约四日后，已划然分别，安得比而同之耶？又，胎生学上，心之发生最早，肝乃在肠胃发生之后，是则“肝生筋，筋生心”之说为与事实颠倒，纯乎盲说呓语而已。
肝与目之关系，于解剖学上求之，不见其有相联络之痕迹，生理学上亦无相干之作用，病理学、医化学中皆不能得其相依辅之点。诸肝病证候之及于目者，惟黄疸为著。黄疸之发也，由肝脏胆汁之逆流入于血液，播诸全身，而着色于内外脏器也，其症候之见于外者，则全身皮肤之变而为黄色也。而眼中内结膜纯白无色，其着色与否，最易识别，故黄疸之有无，先验目之黄否，以其鲜明易见也。然则黄疸者，非独于目有黄染特性，其对于身体各部，平均无厚薄，但皮肤等处本带杂色，不易显露，不易分别，故先呈于眼白耳。肝主目之言，无根捏造，不可信也。
其余“怒伤肝、风伤筋、酸伤筋”诸说，遍考生理、病理、医化学、精神病学诸著述，及近时诸硕学之试验报告，皆无有交相发明之点，皆瞽说也。
又曰：“南方生火，火生苦，苦生心，心生血，血生脾，心主舌……中央生湿，湿生土，土生甘，甘生脾，脾生肉，肉生肺，脾主口……西方生燥，燥生金，金生辛，辛生肺，肺生皮毛，皮毛生肾，肺主鼻……北方生寒，寒生水，水生咸，咸生肾，肾生骨髓，骨髓生肝，肾主耳……。”诸所言皆不合理论事实，今请一一征之。
彼所谓南方生火、北方生寒者，以为南方炎热，北方冷寒也。不知地带之寒热，以赤道、两极为定，近赤道则热，近两极则寒。中华国于北半球，赤道在南，北极在北，故南热于北；若在南半球诸国，如澳地利亚洲、南非、南美诸邦，则赤道在北，南极在南，则北热于南矣。而南方生火、北方生寒之说，不可通矣。
西方生燥、中央生湿者，彼以为西风起后，物多稿燥。夫吾国东南滨大海，西北则大陆无垠，故东南风含水蒸气之量多，而西北风所含者特少。物之燥也，其水分蒸发于大气中也，其蒸发之迟速，视大气中所含水蒸气之多少而异，多则迟，少则速，无则更速，饱和则不但不能燥物，且授其霏雾水滴于物而润之矣。大气中所含水蒸气之量之多寡，即物理学上所谓湿度者也。今以湿度微小之大气，披拂万物，以收其水，万物之燥也宜矣。此西风之所以燥物也，是乃地理上之关系，乌得以为天地之定理哉？而西方生燥、中央生湿之语，又不可通矣。
且吾不知其所谓中央者何所指，自今日言之，地为圆球，南北有定，东西无方，故以南北言之，则赤道为中央；以东西言之，如环而莫得其端，安所得中央乎？惠施有言曰：“吾知天下之中央，燕之北、越之南是也。”此盖言中央之无定所也。呜呼，中央之说，惠氏能发其谬于数千年之上，非天下之齐圣，孰能辨此者乎？
土之为物也，其成分随地而异，大抵八十原素皆散在其中，而其主成分则由八原素而成，今列其名与其百分比例率于下。
酸素Oxygenium47.3、硅Silicium27.9、铝Alu-minium8.2、铁Ferrium4.8、钙Calcium3.7、镁Magnesium 2.8、钠Natriun 2.8、钾Kalium2.5
其余则无机、有机化合物、腐败物，杂然混和而成，未闻其由湿而生也。
至于金属之生成，考金属化学、地质学、矿物学，皆非由燥而成。
寒之于水，稍有可解说者。盖凡诸气体寒之，多能成液体，雨露之成，皆由大气中之水蒸气过寒而凝成水滴者也。然推而论之，气体变为液体则用寒，固体变为液体则用热，冰雹霜雪遇热而释，人所知也。然则寒生水之说，不过一偏之论，未臻完全也。必详密言之，则寒热皆能成水矣。
由此观之，则湿生土、燥生金、寒生水之说，都无可取也。
火生苦之说，彼以为诸食物焦烂于火，常带苦味也。此乃由化学作用化成一种苦味质，非由火而生也。火之者，不过一种加热方法，岂藉火之成分以合成之乎？
至于甘，其大宗者为糖类，为有机物质之含水炭素，皆从果实而得者也，则当谓之木生甘。今于酸取诸木，于甘则舍木而取土，可谓颠矣。
若夫辛辣之物，为吾人日常所知者，亦皆草木有机之属；金属化合物之辛者，实所罕睹也。
咸之在水，以盐为大宗，海水为主，井盐次之，是乃盐之溶解在水，非水之能生盐也。且又有所谓盐矿者，乃固形结晶物，则盐亦非尽在水矣。
要之，此种谬说皆由笃信五行，妄加附会而成，质以事实，不能相符，粗疏荒陋，有识者所鄙弃不道者也。
常取鸡卵，孵之一日，剖而视之，心之痕迹宛然已具，鸡卵内无苦味质，知心之生不藉苦也。又，取已长成之心脏分析之，其心筋诸成分与寻常筋肉不甚相异，又不见有苦味质痕迹；稍含糖质，甘则有之；心含血液，常带盐分，咸则有之。即今日所用苦味质之药，乃以之健胃，亦无补心之功用也。
脾脏之化学成分，糖质极罕，其所含者大部分为诸种发酵素及铁等，无所得甘也。
辛生肺之说，其无根亦大抵与上同。肺为结缔组织、筋肉组织、软骨组织相合而成，其有机质为蛋白发酵素，无机质为食盐，为锰，为铁，为石灰，为硫酸，为磷酸，为钾，为钠之类，大抵味咸者居多，实不见有辛味物也。
咸生肾之说，以今日考之，肾为排尿之脏，其与咸固不能相离，然灵素之所谓肾者，乃以为藏精之器也。且食盐成分全身皆有，血也，泪也，汗也，涕也，精也，溺也，屎也，莫非咸者，乌得以咸专属之肾耶？
要之，苦生心，甘生脾，辛生肺，咸生肾之说，亦由笃信五行，妄加附会而成，不足深辩也。
生血者，骨髓与脾也。而灵素之脾实为脾，与血无关。心者，行血者也，由生理实验其所职掌，纯乎物理学之机能，无医化学之作用也，则虽强以灵素之脾为今日之脾，亦改之曰“心行血，脾生血”，或庶有合乎，不当云“心生血，血生脾”也。
筋肉之生，由中胚叶；腨之生，由内胚叶；脾之生，由中间叶，三者各不相同，故脾生肉之说，无论其所指为脾为腨，均无所合也。肺之生也，亦由内胚叶，安得谓由肉而生乎？而“脾生肉，肉生肺”之说谬矣。
皮毛由外胚叶而生，肾由中胚叶而生，皆与内胚叶之肺划然分别，而“肺生皮毛，皮毛生肾”之说谬矣。
骨髓之生也，与骨同自中间叶生也。肝为内胚叶，与中胚叶之肾，各不相涉，而“肾生骨髓，骨髓生肝”之说又谬矣。
最终，“心主舌，脾主口，肺主鼻，肾主耳”之说，惟肺与鼻通，为与事实相合；脾与口之关系，尚可曲解，何则？灵素之脾脏，乃腨也。腨属消化器，口为消化管，口与腨为同系。至心之于舌、肾之于耳，以今日解剖、生理核之，无一合也。
《素问·六节藏象论》曰：“心，其华在面，其充在血脉。肺，其华在毛，其充在皮。肾，其华在发，其充在骨。肝，其华在爪，其充在筋。脾、胃、大小肠、三焦、膀胱，其华在唇四白，其充在肌。凡十一脏，皆取决于胆也。”按：此十二脏之相使也，华形于外也，充实于中也。心之充在血脉，得其要矣；其华在面，则一偏之论也。心以行血，血行脉中，以分布周身，非仅在面也。心脏强健，血行旺盛，四体百骸营养美好，皮肤丰腻有活色，粘膜红润，非独形于面也。
肺之于皮毛，前已辨其妄谬。肾脏病之症候，亦无波及发者，其华在发之说，谬误甚矣。肝之于筋，前亦言之。
爪之生也，亦由外胚叶，爪为半透明质，可以窥见其下之血色，贫血、郁血之诊断多得其助，故血液循环器疾病，可借此以窥见一二，不闻其与肝有关系也。
唇之于内脏也无所系，惟以其色之荣枯，卜血液循环及营养之良否，而于诊断学上则易干燥而生屑者，知其有热病；其带煤负色者，为伤寒（Typhus）之特征，如是而已，未闻与脾、胃、大小肠、膀胱、三焦有若何之关系也。
肌者，《说文》曰：“肉也。”《玉篇》曰：“肤也。”脾、胃、大小肠为消化器，膀胱为泌尿器，三焦者无功用焉（说见前章）。消化排泄良，则全身之营养足，动作盛，不仅在肤肉也；消化排泄不良，则全身受其障害，亦不仅在肤肉也。
胆者，胆汁潴蓄之处，所谓胆囊也。胆汁之成分，为肝脏细胞所分泌之液（名曰肝脏胆汁Lebeogalle）与胆管、胆囊所分泌之粘液（总称之曰胆囊胆汁Blasen-galle）相合而成。其生理上之功用，则以溶解游离脂肪为主要之职务，其食物消毒之力不如胃液，非有总领十
一脏之功能，非有统治十一藏之价值，而谓皆取决于此，岂非荒谬之尤者乎？